政协太湖县委员会下设一个办公室、调研室和七个专委会：提案委、文史资料委、经济委、教科文卫体委、港澳台侨和民族宗教委、社会和法制委、人口资源环境委。

自七届政协开始，安徽省赵朴初研究会办公室、太湖县赵朴初文化公园管理处挂靠县政协办公室，为正科级单位。